何だかアヤシゲな情報商材の売り込みサイトのようなタイトルになってしまいましたが……。
「toggl」というWebサービスを使って、案件・作業ごとに費やした時間を記録・管理しています。
クライアント、案件(プロジェクト)ごとに、どんな作業をいつからいつまでやったのかを記録していくサービスです。
大きなチームでのプロジェクト管理にも利用できそうな有料版も用意されていますが、フリーランサーが自分の業務管理に使うなら無料版で十分。
だいたい半年くらい使ってきましたが、思った以上の効果がありました。